感染病科(原传染科)始建于一九五七年,由知名传染病学专家钱悳、刘约翰、王其南教授等从上海医科大学华山医院来渝组建。经过近五十年的发展,已成为国内具有较大影响及重要学术地位的全国知名学科。是我国传染病学的临床、教学及科研、人才培养的重要基地。1979年成为我国首批医学硕士学位授予点,1981年成为我国首批博士点,1983年首批国家抗感染和肝病药物临床药理研究基地,1989年评为全国第一批医学重点学科。附属研究所建于1985年是重庆市卫生局传染病重点试验室。50年来培养了一大批从事传染病学教学、科研、医疗的专门人才,造就了一批知名的传染病学专家,形成了合理的人才梯队,目前,学科以一大批在国内传染病学界脱颖而出的中青年学术骨干(45岁以下教授、博导、博士及留学归国人员)为主体,在老一辈专家带领指导下,为我国传染病学的发展做了突出贡献,在国内该领域享有较高声誉。感染病科作为全国传染病、寄生虫病重点学科及国家临床药理研究基地,在重症感染性疾病治疗、抗菌药物合理应用、细菌耐药性研究方面处于国内领先水平; 在重庆市感染性疾病防治中发挥了指导作用, 是我国西部地区权威性的传染病与感染病疑难重症诊断、治疗、会诊中心。
　　感染病科主要从事各种感染性疾病的诊断及治疗,尤为擅长对特别擅长于不明原因发热、不明原因黄疸、严重感染和各种急慢性腹泻,各种病毒性肝炎和肝病以及寄生虫病的诊断和治疗。对各病因所致的慢性肝炎、丙型肝炎、重症肝炎的诊治,除开展正规的抗病毒治疗外,针对个体,生物和免疫治疗并举的治疗方法,独特有效。2002年,引进日本人工肝治疗仪,已成功进行了近600台次血浆置换和(或)灌流,显著缩短了重型肝炎平均住院日,降低了病死率,带来了巨大的社会效益。为肝脏移植前后提供了强有力的支持和保障。还常年承担病毒性肝炎及肝病有关的药物的临床治疗评价和验证工作。50年来在各种疑难重症感染的诊断和治疗方面积累了丰富的经验,对各种化脓性、结核性及真菌性脑膜炎、心内膜炎、败血症等传染病的治疗成功率居国内领先水平。坚持科研与临床结合之方向,大量开展抗感染新药临床前及临床的研究与评价,处于全国领先水平。对脂肪肝炎和高脂血症,除常规治疗外,还采用最新的血脂过滤治疗,能迅速清除多余血脂,促进高脂血症和脂肪肝愈合。寄生虫病研究所是目前重庆市唯一集寄生虫病科研、临床诊断和治疗一体化的研究机构。