病理学研究所由基础医学部病理学教研室与西南医院病理科于2000年合并组建而成。病理学教研室由著名病理学家晏良遂教授创立于1942年（时称国立中正医学院病理学系），1978年成为国家首批硕士学位授权学科，1984年成为博士学位授权学科，2000年获批为基础医学博士后流动站。西南医院病理科于1963年在病理学教研室指导下开展工作，1970年独立建科，经过老一辈病理学艰苦创业和精心培育，逐步发展成具有一定规模和优势的临床病理科室。重新组建成立研究所后，学术队伍知识结构和人才梯队更加合理，技术力量更加雄厚，学科实现了优势互补和长足发展。
病理学研究所集病理学教学、临床病理诊断和科学研究于一体。常年承担学校专科、本科、硕士生和博士生各层次病理学教学任务3000余学时，在国内最早开展临床病理诊断专业病理学教学实践和研究，教学质量高、效果好，培养了大批优秀病理学专业人才，先后多人次入选学校“三名（明）教师”、获得院校“育才奖”、校级以上“优秀教师”。先后招收培养了一大批病理学专业博士、硕士研究生和博士后研究人员。目前临床组织病理诊断每年达4.2万例（其中疑难病例5000余例）、细胞病理每年达1.2万例，并接受来自全国各地疑难病理会诊1.5万余例；基础病理研究方面，形成了以创伤分子病理（烧伤内毒素血症损伤机制）研究为特色、以肿瘤分子病理（血管生成和肿瘤干细胞）以及相关诊治新方法研究为重点和优势的科研方向，已取得一系列研究成果，并在国内外具有一定的学术影响。目前本实验室已成为我国临床病理诊断、基础病理研究和专业人才培养的重要基地之一，在国内外同行中有较大影响。开展20余种组织化学、数百种抗体的免疫组化染色和电子显微镜技术以及神经病理、移植病理、肾脏病理、出生缺陷病理、法医病理等专科病理诊断，形成了一系列学科特色医疗技术，在神经、胃肠道、软组织和骨等部位肿瘤病理诊断方面特色和优势明显，同时还承担了来自全国各地的大量疑难病理会诊工作。
病理学研究所十分重视科研工作。拥有“肿瘤内皮细胞分离与脉管生成检测”、“抗脉管生成药物合成与高通量筛选”、“肿瘤干细胞分选与鉴定”、“蛋白质组与表观遗传学分析”、“激光显微切割与组织芯片制备”、“趋化因子受体功能与肿瘤侵袭转移测定”以及“内毒素结合蛋白鉴定与功能分析”等技术平台；凝练出以“肿瘤血管生成机制与抗癌新药研究”为优势、以“创伤分子病理与防治新措施研究”为特色的重点科研方向，其中“肿瘤血管生成机制与抗癌新药”研究团队并获批为重庆市第一批高校创新团队（联合免疫学科被推荐申报国家教育部创新团队）。先后主持完成包括国家“九五”重大科技攻关计划、973计划、863计划课题、国家自然科学基金面上项目以及重庆市重大重点项目在内的省部级以上科研课题80余项，发表学术论文500多篇（其中包括SCI收录的国外期刊论文37篇），获得包括国家科技进步一、二等奖、重庆市自然科学一等奖和科技进步一等奖等在内的省部级二等奖以上科技成果奖励12项、专利8件。与美国、英国、法国等国家和香港地区在人员互访、人才培养、合作研究等方面建立了良好的交流与合作关系。目前研究所已成为国内临床病理诊断、基础病理研究和专业人才培养的重要基地之一。
