血管外科是西南医院最年轻的科室，其前身是放射科介入病房，早在上个世纪八十年代就在国内率先开展介入诊疗工作，是我国最早开展介入诊疗的单位之一。2018年8月1日西南医院整合了普通外科、介入科和老年科外周血管病组等优势资源，组建了陆军军医大学唯一一家血管外科，目前主要开展血管腔内、腔外微创治疗，并以大血管介入为龙头，以肿瘤血管介入和外周血管介入为支撑，以静脉疾病为补充的学科发展布局。

西南医院血管外科现有床位32张，医护人员27名，其中具有高级职称医师4名，中级职称医师5名，是中国抗癌协会重庆肿瘤介入专委会主任委员单位，重庆市抗癌协会肿瘤介入培训基地，中国静脉介入联盟常务理事单位，重庆市介入质控中心。在腹主动脉瘤和主动脉夹层、肝癌的介入化疗栓塞、下肢动脉闭塞腔内介入治疗以及静脉血栓和静脉曲张的整体微创治疗方面具有鲜明特色。