心胸外科是西南医院拥有悠久历史的主流科室之一，是西南医院重点发展的科室，经过数十年的发展，2007年被批准为国家级重点学科。在卫生部对器官移植工作的规范活动中，科室成为国家首批心脏移植的指令性开展单位，是重庆地区惟一具有开展心脏移植资质的学术单位。科室共有展开床位80张，其中监护室床位20张，医护人员48名，其中副教授以上的专家和技术骨干6名，研究生导师3名以及精干的医护队伍。科室现有博士8名，硕士3名，是研究生培养单位。

多年来，科室以患者为中心，努力实践“为病人服务、使病人以最少的花费得到最合理的治疗”的宗旨，以“创国内一流胸心外科”为目标，科学管理，勇于创新，不断进取，高质量地为患者完成胸心外科常见疾病诊治。还率先在国内和西南地区开展了一系列新技术，包括我国首例心肾联合移植术、我国首例激光心肌打孔术、我国首例微波射频治疗肺癌、西南地区首例冠状动脉搭桥术和西南地区首例微创切口非体外循环冠状动脉搭桥术、西南地区首例使用双极射频治疗系统进行的迷宫手术。其中心脏移植、体外膜肺氧合支持（ECMO）、房颤迷宫手术、上腔静脉置换治疗胸部复杂肿瘤等水平已达国内先进水平，冠状动脉搭桥术、胸主动脉瘤手术等居西南地区领先水平。

在为患者提供高质量的诊治服务的同时，始终关注、把握本学科专业的发展方向，积极开展了相关的多方面基础及临床科研，研究方向涵盖了包括心脏移植、肺癌、食管癌、纵隔巨大肿瘤及微创外科等在内的多个技术难点。目前主持研究国家自然科学基金、省部级自然科学基金资助课题共5项，取得了丰硕的研究成果。