西南医院普通外科前身是国民政府中央医院外科，成立于1930年。目前是集医疗、科研和人才培养为一体的国内知名的普通外科之一，2007年被批准为国家级重点学科。现编制床位86张，为博士学位授权学科、国家重点学科、重庆市医学重点学科。现有微创胃肠外科中心、肿瘤生物治疗研究中心、微创疝修补诊疗中心、肛肠疾病诊疗中心。拥有专业技术人员45人，其中高级职称9人，博士生12名，硕士生10名。拥有国内一流的先进设备，包括多功能数字化腹腔镜及超声手术系统、Trivex大隐静脉微创治疗系统、肛肠综合治疗仪、流式细胞仪等。常年设有著名专家门诊和专科门诊，每年门急诊量在36000人次以上，年收治病人在5000人次以上，年手术量在3000台次以上，治疗质量高，并发症少，疗效居国内先进水平。

现为《中华外科杂志》、《中华胃肠外科杂志》、《中华消化外科杂志》、《中国实用外科杂志》、《中国微创外科杂志》、《中国普外基础与临床杂志》、《外科理论与实践》、《中国临床康复》、《重庆医学》、《重庆医学》、《局解手术学杂志》等杂志编委。