消化病研究所成立于1956年，是国家首批消化系病硕士、博士学位授权点，现为国家重点（培育）学科、国家临床重点专科、卫生部内镜诊疗技术培训基地、国家临床药理基地消化专科病房。科室现有博士生导师4人，硕士生导师6人，享受国务院政府特殊津贴专家2人。消化病研究所分为住院病房、内镜中心和实验室三部分：（1）住院病房设有“胆汁淤积肝病中心（CholestaticLiverDiseasesCenter,网址：www.cldcsw.org）”、“重症监护病房”等亚专科，其中“胆汁淤积肝病中心”为国内黄疸与肝硬化领域率先开展的首个亚专科。病房拥有床位84张，其中研究型床位10张，主要用于国际先进诊疗技术对疑难杂症的诊治。此外，门诊还开设日间病房，为胃肠道息肉患者实施24小时快捷住院治疗。（2）内镜中心为全国最大的消化内镜诊疗中心之一，拥有目前国际上最先进的内镜系统，是给予患者精准、快速诊断和治疗的最大保障。其中，“消化道早癌微创诊治”在西南地区处于领先水平。（3）实验室为重庆市高校重点实验室，仪器设备先进，科室成员先后在美国匹兹堡大学、耶鲁大学肝脏中心、加州大学洛杉矶分校、加拿大多伦多大学、澳大利亚昆士兰大学等留学，先后为全国培养多名学科带头人。