西南医院神经外科，为西南地区唯一的神经外科学国家重点学科，是临床医学博士后流动站站内学科，博士、硕士授予权学科，国家神经外科专科医师培训基地。

现展开床位160张，由3个普通病区（130张床）、1个神经重症监护室(30张床)、胶质瘤治疗中心、脑血管病诊治中心、脑磁图与癫痫诊治中心、高压氧治疗中心组成；年收治颅脑与脊髓创伤、脑与脊髓肿瘤、脑血管病、癫痫、脑积水、新生儿脑与脊髓膨出、三叉神经痛、面肌痉挛、糖尿病足、老年性痴呆、帕金森病等病人4000余人次，年手术2000余台次，是中国西部地区最大的神经外科专科中心之一。

科室现有工作人员156人，医疗系列40人，研究系列1人，其中教授7人，副教授8人，博士导师4名，硕士导师5人，博士后2名、博士16名，主系列人员均已研究生化，多数人员具有出国学习经历。科室现有12人分别担任中华医学会神经外科分会委员、重庆市医学会神经外科分会主任委员等全国性学术组织的常委或委员，28人次担任国内外各种期刊副主编、常委、编委及审稿人，是西部地区担任各级学术任职最多的学科。拥有西部地区唯一的脑磁图仪、神经影像导航系统、视频网络脑电系统、术中神经电生理监护系统、亚洲最大的高低压氧舱群、荧光手术显微镜、脑内窥镜等国际顶级的医教研仪器设备，总价值近1亿元，是我国综合性医院装备最好的神经外科专科中心。本学科在颅脑及脊髓损伤、脑肿瘤、脊髓肿瘤、脑血管病、癫痫、脑积水、帕金森病、三叉神经痛、面肌痉挛、脑瘫、脑或脊髓脊膜膨出、糖尿病神经病变等神经系统疾病微创外科治疗方面处于国内先进水平。