儿科于1964年3月正式成立，是医院早期设立的科室之一。儿科现有医师15人，其中主任医师2人，副主任医师5人，主治医师3人，具有硕士学位2人，硕士生导师2人。儿科现有普通门诊、小儿推拿门诊、专家门诊各一间，现有病床25张，是从事中医、中西医结合诊治儿童疾病的临床二级学科，是安徽中医学院中医儿科专业硕士学位授予点，是安徽省中医药学会儿科专业委员会挂靠单位，现为国家中医药管理局“十一五”重点专科协作组成员单位。

40多年来，儿科由单一的中医儿科门诊，发展为门诊、急诊、病房开设齐全的科室，一直坚持以中医中药为主，充分发挥西医和现代医疗设备的作用，运用中医、中西医结合的方法诊治各种儿童疾病，特别是对小儿急性肾炎、紫癜性肾炎、肾病综合征、支气管哮喘、反复呼吸道感染、婴儿肝炎综合征、腹泻病、厌食症、感染性心肌炎、儿童多动综合症、幼年类风湿性关节炎、过敏性紫癜、特发性血小板减少性紫癜、小儿脑性瘫痪、小儿肌性斜颈等疾病的诊治，显示出明显的中西医结合优势。为改善儿童口服中药的依存性，儿科先后研制、开发出咳喘平冲剂、参梅养胃合剂、固本康糖浆、参芪灵冲剂、解热灵口服液等多种院内制剂，疗效可靠，受到患儿和家长的欢迎。

儿科作为安徽中医学院儿科学教研室，每年承担安徽中医学院《中医儿科学》、《西医儿科学》、《中西医结合儿科学》课堂教学任务600多学时，带教实习医生、研究生80名左右，举办各种讲座20余次。近五年来开展“三新”项目5项，承担省厅级课题9项，取得省级科技成果1项，发表论文9篇，其中国家级杂志4篇，主编专业著作1部，参编专业著作4部。