南方医科大学深圳医院消化科以学科共建的形式，把国家临床重点专科南方医科大学南方医院消化科优势技术移植到深圳医院基地。按照大学附属医院和三甲医院的高标准严要求建设与发展消化科。

目前除了能开展消化系统临床常见病和危重病诊疗之外，已经开展了无痛胃肠镜检查、胶囊内镜检查、超声内镜检查、胃肠道早期癌的筛查、胃肠息肉或早期癌的内镜下治疗（EMR、ESD）、消化道支架植入、消化道狭窄扩张术、食管胃的间质瘤治疗（STED）、贲门失迟缓症内镜下治疗（POEM）、胰胆管逆行造影与胆管取石（ERCP、ENBD）、双气囊小肠镜检查等高级内镜下的诊疗技术。