该院外三科（普外科）是以外科手术为主要治疗方法，配以中医中药、针灸等中西医结合的方法治疗外科疾病的科室。近年来，该科在腔镜微创手术上敢于创新、积极实践，手术的质量和数量达到了上海市的先进水平。目前，该科东西两院共有病房固定床位122张，医师27名，其中具有高级、副高级职称者有13名，硕士以上学历者10名。手术范围涵盖了普外科除肝移植外所有的术种，年门急诊各类手术数达1700余台，病房年收治病人在3000人次以上。
目前，该科下设胆道、消化道肿瘤、乳房、甲状腺、腔镜微创外科、疝专科、血管外科、胸外科等专科。在应用西医手术、药物的同时，采用中医的方法对外科疾患进行中西医结合治疗，是各专科共同的医疗特点。具有该院特色有应用芒硝外敷治疗外科急腹症、炎性肠梗阻和口服阑尾合剂治疗急慢性阑尾炎、针药局部麻醉无张力疝修补术等。该科的腹腔镜手术早已不局限在单纯的胆囊切除术，随着手术医师手术技能的提高和手术器材技术的发展，“腹腔镜下无张力疝修补术”、“腹腔镜下阑尾切除术”、“腹腔镜下胃癌根治术”、“腹腔镜下结、直肠癌根治术”、“腹腔镜下胆总管探查术”、“腹腔镜下脾切除术”、“腔镜下甲状腺切除术”、“腔镜下乳房癌根治术”等手术在该科普遍的开展，并取得显著疗效，年腔镜微创手术近400台。消化道肿瘤专科开展的腹腔灌注化疗，进一步提高了肿瘤患者术后的五年生存率。每年，该科约有20余篇科研论文论著在近20家国内外医学期刊杂志上发表和各类医学会议上讨论交流。这些科研成果多立足于普外科日常工作中的实际情况，充分发挥该院为上海中医药大学附属三级甲等医院的优势，在中西医结合治疗普外科急腹症：如急性胰腺炎、粘连性肠梗阻、麻痹性肠梗阻等方面的临床手段和治疗疗效在国内已处于领先水平。近几年该科的科研工作取得可喜的成绩，三年内共获得校（局）级科研课题项目三项。
科主任：黄建平，男性，1960年出生，主任医师，教授。现任上海中医药大学附属曙光医院普外科主任、胆道外科主任，胆道研究室主任，曙光—蛇牌高级腹腔镜培训中心主任，上海中西医结合外科学会委员，亚洲腹腔镜学会终身会员。
主要从事中西医结合治疗肝胆疾病的临床与研究，有丰富的临床经验。在全国较早开展了腹腔镜结直肠癌的根治术、腔镜下甲状腺手术、三镜联合治疗胆总管结石、腹腔镜胃癌根治术、腹腔镜肝脏肿瘤切除术、腹腔镜腹膜后肿瘤切除术等，其中不乏国内领先技术。曾先后赴德国慕尼黑大学医院进修，香港亚洲腹腔镜学会培训中心学习，多次国外讲学。目前开展973课题一项，上海市教委课题一项，参加上海市科委课题一项。主要研究工作有：中西医结合治疗慢性胆囊炎、胆囊结石，围手术期的中药治疗，腹腔镜技术治疗胆总管结石，针麻腹腔镜手术等。在国内核心期刊发表论文数十篇，参加编写专著二部，获得国家新型实用发明专利二项。
