感染科位于第二住院部3、4楼，原系成都军区感染病中心，有50余年历史，为该地区唯一的感染病专科。科室编制床位40张，有专业医护人员26名，其中主任医师2名，副主任医师2名，主治医师4名，博士1名，硕士3名，硕士生导师2名。设感染性疾病专科门诊、发热门诊和腹泻门诊，病房分肝病、结核和感染性疾病三个亚专科。肝病专科可进行乙肝病毒（HBVDNA）定量、乙肝病毒耐药基因检测、丙肝RNA定量、经皮肝脏穿刺病理活组织检查术及甲、乙、丙、戊型肝炎标志物等检查。经多年的技术积淀，针对慢性乙、丙型肝炎的个体化抗病毒治疗，以及重型肝炎的治疗在该地区处于领先水平，采取综合措施救治消化道出血、肝性脑病、肝肾综合征成功率高，应用腹水浓缩回输系统治疗顽固性腹水效果显著。结核专科主要诊治各型肺结核、肠结核、结核性腹膜炎、淋巴结核、泌尿系结核、结核性脑膜炎、肝结核以及各种耐药结核；感染性疾病专科在诊治发热原因不明的疾病及麻疹、水痘、猩红热、流行性乙型脑炎、流行性脑脊髓膜炎、细菌性痢疾、伤寒、手足口病等各种传染病方面积累了丰富的临床经验。