衢州市中医院中西医结合肛肠科，是衢州市中西医结合肛肠病诊疗中心、浙江省中医重点建设专科，衢州市医学重点学科，设有独立的门诊和病房，有主任医师1名、副主任医师3名、专科医师2名，拥有电子结肠镜、多功能肛肠治疗仪、腹腔镜等先进设备，开展了结肠运输试验、排粪造影、气钡双重造影等特殊检查。

目前衢州市中医院中西医结合肛肠科成功开展的具有优势和特色的项目有：无痛肠镜检查及治疗、直肠前膨经阴道修补术、保留齿线混合痔外剥内扎术、低位直肠癌保肛术、高频电容场痔疮治疗术、PPH治疗痔疮及直肠黏膜脱垂、腹腔镜下结肠肿瘤治疗、溃疡性结肠炎、肛周脓肿一期治愈术、肛周湿疹的中药外洗、中药外敷治疗炎性外痔水肿、妊娠期及哺乳期混合痔嵌顿等。

衢州市中医院中西医结合肛肠科与省内外多家知名肛肠专科开展协作，由省内外知名专家每月定期坐诊。