安徽医科大学附属巢湖医院心胸外科现编制床位29张，现有各类医师9名，其中主任医师1名，副主任医师2名；护理人员16人，其中主管护师3人。心胸外科配备进口多参数监护仪1台，国产多参数监护仪10台、进口心脏起搏器一台，进口心脏除颤仪一台，进口呼吸机一台，微量输液泵8台，德国产StokertSc型人工心肺机等体外循环设备。病区设有专科监护病房（ICU）。

科室在技术上精益求精，逐步开展了各种规范性肺和支气管疾病的手术治疗；复杂性食管肿瘤的手术如食管上段癌手术，胸、腹、颈三切口食管次全切除术、各种纵隔肿瘤切除术、胸腺瘤切除术治疗重症肌无力、巨大纵隔肿瘤切除术等；微创胸外科手术：如胸腔镜下胸外科疾病的诊断与治疗等、第一肋骨肿瘤切除等难度大技术含量高的手术。2006年在该市成功开展了先心病矫治术、风湿性心脏瓣膜病换瓣术、心脏肿瘤切除术等体外循环下手术。