上海交通大学医学院附属第九人民医院消化内科是集医疗、教学和科研为一体的综合性三级甲等教学医院的专业科室，建立于1970年（大内科消化组），历任科主任禇丞祎、朱舜时、刘海林，现任主任孟祥军。
　　现任科主任孟祥军，医学博士，博士生导师。从事临床工作20余年，临床经验丰富，擅长消化系统各种疑难疾病的诊治、消化内镜的操作, 完成内窥镜下诊治万余例。2003年至2009年期间在法国国家卫生研究院（INSERM）遗传与细胞分子生物学研究所（IGBMC）从事博士后研究工作，对胃肠道肿瘤及其癌前病变的防治具有较深的造诣。先后承担国家自然科学基金2项，2010年入选上海市浦江人才计划（A类）。担任及兼任?胃肠病学?、?世界华人消化杂志?、中华国际肿瘤学杂志、American Journal of Gastroenterology and Hepatology，American Journal of Cancer Case Reports和American Journal of Diabetes, Obesity & Metabolism（Senior editor）；Tumor biology和IJMS编委(的高级编委）及审稿人；中华医学会上海市消化分会委员；中国医师协会上海市消化病分会委员。曾获上海市科技进步奖三等奖一项，在国内外著名专业杂志PNAS, Cancer Research等发表论文30余篇。
　　2014年11月上海交通大学医学院第三人民医院整建制并入并入第九人民医院，消化内科分为南北两部，每部均具备消化专病门诊、消化科病区和内镜室等完善的消化道疾病诊断和治疗体系。科里现有医师28人，其中主任医师3人，副主任医师7人，主治医生16人，研究生学历占80%。现核定床位44张，年住院人数超过2500人次。消化科病区病种广泛，包括上消化道出血、肝硬化及其并发症、肝功能衰竭、胃肠道肿瘤、炎症性肠病、急慢性胰腺炎等常见病、危重病，此外还收治腹膜间皮瘤、布-加综合症等少见病、疑难病。周一至周六均设有普通门诊和专家门诊，主要负责胃肠道及肝胆胰腺相关疾病的诊治，目前门诊量约10万人次/年。