巴彦淖尔市医院呼吸科建立于1998年，最早一批独立建科的专科科室。2019年9月更名为呼吸与危重症医学科，设有门诊、普通病房、重症监护病房。呼吸与危重医学科诊区位于门诊2楼，为方便广大患者就医开设3个诊室，可以满足每日120-150人次就诊。并且开设慢阻肺、哮喘、睡眠医学、戒烟、肺癌、感染、肺间质病、肺血管病专病门诊，诊区还配有呼吸综合诊疗室。肺功能室检查进展顺利，可进行肺功能全项，支气管舒张试验、激发试验，呼出气NO试验，对于慢阻肺、哮喘、慢性咳嗽的诊断、鉴别有决定性意义。同时开展睡眠呼吸监测10余年，可确定患者是否存在睡眠呼吸暂停综合征，判断睡眠呼吸暂停的类型。气管镜室目前开展急诊床旁支气管镜检查治疗，普通支气管镜检查治疗，全麻支气管镜检查治疗，支气管镜下刷检、活检，肺泡灌洗，支气管异物取出，咯血的镜下治疗。呼吸危重症监护与治疗室（RICU）共床位15张，有创呼吸机15台，无创呼吸机8台，提高了呼吸衰竭、重症哮喘、重症肺炎患者的生存率。

呼吸与危重症医学一科病房位于住院楼14层西病区，有床位40张，主任医师2名，副主任医师2名，主治医师3名，住院医师4名，其中硕士研究生4名。能够诊治慢性支气管炎、肺气肿、肺心病、重症肺炎、肺癌、肺栓塞、肺脓肿、肺结核、胸腔积液、间质性肺疾病、支气管哮喘、支气管扩张、气胸、慢性咳嗽等疾病。病房设有治疗室，可以进行血气分析、开展雾化吸入治疗。