内蒙古医学院附属医院神经外科是自治区建科最早、专科设备较齐全、技术力量雄厚的自治区医疗卫生领先学科。该科室在重型颅脑损伤的抢救，颅脑及脊髓肿瘤的诊断及手术治疗，先天畸形疾病，脑血管病的手术及介入治疗，立体定向及功能神经外科等方面，在自治区内属领先水平。

内蒙古医学院附属医院神经外科主要开展各类型颅脑损伤，各部位颅脑肿瘤，各种脑血管病，脊髓肿瘤，血管畸形切除，脊髓空洞分流，脑囊虫、包虫摘除，各类颅脑及脊髓先天性畸形手术治疗等。近年来，开展了显微手术：如脑血管疾病的颅内外血管吻合术，脑干、斜坡、枕大孔区、颅颈交界肿瘤、三脑室、四脑室、松果体区肿瘤切除，颅内动脉瘤夹闭手术和大型血管畸形切除，环枕区复杂畸形的手术、脊髓髓内肿瘤手术治疗等；在功能神经外科方面开展了立体定向手术治疗震颤麻痹、精神病，颅内异物取出，微血管减压治疗神经痛，软膜横切术治疗功能区顽固性癫痫;胶质瘤的热疗，脑动脉内化疗;血管内介入治疗动静脉畸形，颈内动脉海绵窦瘘栓塞治疗，脑膜瘤术前栓塞，紫杉醇对恶性胶质瘤生物活性抑制研究等服务项目。