内蒙古医学院附属医院消化内科是自治区治疗消化系统疾病的重要科室，有自己独立的消化实验室，胃肠镜检查室，内镜手术室。

内蒙古医学院附属医院消化内科配有消化胃肠镜检查室、超声内镜室、内镜手术室、消化实验室。主要设备：系列电子胃肠镜—OlympusEVIS-230、EVIS-240和V-型电子胃镜、电子结肠镜和电子十二指肠镜、SQ-40纤维胃镜、电子内镜自动清洗机、UES-20高频电发生器、结石碎石器等内镜手术器械、气囊和探条扩张器、微波治疗仪、HTY1001Hp测试仪和心电监护仪等。

内蒙古医学院附属医院消化内科主要开展消化系统疾病的诊断和内科治疗、幽门螺杆菌的检测、消化内镜的诊断和治疗以及记忆合金支架置入治疗食管、贲门良恶性狭窄，十二指肠乳头括约肌切开术、黏膜切除术，消化道息肉内镜摘除术、消化道狭窄扩张支架置放术，胆道扩张支架置放术等服务项目。