胃肠外科为普通外科专业五大科室之一，现有编制床位47张，实际开放床位66张，主要收治自贲门以下（包括贲门）乙状结肠以上（包括乙状结肠）消化系统的胃肠良恶性病变，另包括腹膜后肿瘤、疝外科（腹壁疝、食管裂孔疝）及减重代谢外科。医疗水平与国内三甲医院无显著性差异，可独立自主熟练开展各种胃肠外科常规手术及高难度手术。开展的手术主要包括腹腔镜及开腹胃癌根治术、结肠癌根治术、腹膜后肿瘤切除术、疝修补术、减重手术、胰十二指肠联合切除术、肝胆胰高难度肿瘤手术。现有医护人员25人，其中医生10人，护士15人。医生中硕士研究5人，本科生5人，主任医师1人，副主任医师1人，主治医师5人，住院医师3人。10名医生均为本科以上学历，分别毕业于石河子大学、新疆医科大学、复旦大学、武汉大学、同济大学、福建医科大学、山西医科大学、西南医科大学等国内有名大学。科室长期得到中山大学各大附属医院的支持与帮助，中山大学附属肿瘤医院、中山大学附属第一医院、中山大学附属第六医院、中山大学附属第三医院以及广州医科大学附属肿瘤医院等均长期派出骨干专家来科室指导工作。长期与福建医科大学附属协和医院、新疆自治区肿瘤医院、新疆自治区人民医院、上海瑞金医院及南方医院等国内著名医院保持着信息共享、技术合作。

胃肠外科拥有一支经验丰富、年轻化、高学历化的医护队伍，以饱满的热情、充沛的精力服务于本地区各族人民。