乌鲁木齐市妇幼保健医院儿童保健科设有体检室、计划免疫室、智力测定室、听力筛查室、眼保健室、口腔保健室、儿童气质测查、营养咨询和心理咨询室。提供包括胎儿期、新生儿期、婴幼儿期、学龄前期及学龄期保健五期保健。开展0-7岁儿童体格检查，生长发育评价，心理行为咨询、儿童疾病综合管理等儿童保健服务，并负责全市托幼园所入托体检和儿童健康管理。

同时作为全市最大的的妇幼保健机构，我院保健部还承担了全市的儿童保健工作技术指导、督导、培训、考核工作，协助卫生局制定各种儿童保健卫生项目的规范、管理办法、评估标准和考核机制。开展儿童保健项目，如新生儿疾病筛查、新生儿死亡评审等等。