内镜中心成立于2001年，是妇科系统内镜领域特色专科之一，2010年确定为甘肃省妇科内镜医疗质量控制中心，2011年被评为卫生部四级妇科内镜手术培训基地，长期承担卫生部农村妇女宫颈癌检查基层人员进修培训项目的教学工作。科室技术力量雄厚，以宫腔镜诊疗、阴道镜检查以及宫颈癌前病变诊疗为主，在全省妇科领域宫腔镜及阴道镜技术属领先水平。科室目前拥有日本奥林巴斯和德国WOLF全套宫腔镜检查设备，美国强生宫腔镜双极电切设备，德国莱卡光电一体阴道镜检查设备，美国埃尔曼宫颈LEEP环形电切术全套设备。近年来，该科还相继开展了小儿纤维支气管镜、小儿胃镜、小儿肠镜及成人电子乳腺纤维内窥镜等内镜技术，均处于全省领先水平。该科下设门诊手术室可开展B超引导下的无痛人流术、无痛取环、放环术、术后康复理疗等业务，并于2012年成立了PAC(人流术后关爱)门诊，为广大流产后妇女提供了充满人性化的多种形式保健咨询服务。