泌尿外科成立于1965年，科室现有主任医师2人，副主任医师3人，博士3人，硕士6人。该科室主任为中华医学会泌尿外科学会甘肃省分会副主任委员。该科为硕士培养点。科室设有体外震波碎石室、泌尿系统特检室、泌尿外科实验室、泌尿外科B超室及尿动力学检查室。

配有先进的大型泌尿治疗设备、经尿道前列腺气化切除镜、进口及国产膀胱镜和输尿管镜。

该科率先在省内开展了经尿道前列腺气化电切除术、后腹腔镜肾上腺腺瘤切除术及亲属活体肾移植术，填补了省内空白。该科在经尿道前列腺气化电切除术、肾上腺肿瘤、肾脏肿瘤切除及先天性尿道下裂矫形术方面达国内先进水平，在膀胱肿瘤切除及活体肾移植术方面达省内先进水平。