作为卫生部直属三级甲等医院的药学部门，经过近三十年的发展、壮大，中日友好医院药学部已发展为集医疗、教学、科研为一体的医技科室。除保障临床所需药品的采购、质量管理、调剂、静脉用药集中调配、医院制剂配制等工作外，药学部还开展治疗药物监测、用药咨询、参与临床治疗方案制定等临床药学服务，以及新药研发、制剂研发、临床药学应用与基础研究等技术工作，努力为临床提供多元化的药学专业技术服务。作为医院药学技术部门，药学部按照《药品管理法》等相关法律、法规和医院管理规章制度要求，参与药事管理与药物治疗委员会的日常工作。药学部下设八个二级科和二个办公室：药品科、西药调剂科、中药调剂科、制剂科、静脉用药调配中心(PIVAS)、临床药学科、药学实验室和治疗药物监测室(TDM)，药学部办公室和药物信息室。现有工作人员135人，其中主任药师3人，副主任药师5人，主管药师65人;人员学历包括博士8人，硕士研究生10人，本科72人。 医疗特色： 药品调剂：全体调剂药师秉承“患者至上，文明行医”的院训，在保障全院门、急诊和住院患者的用药需求的基础上，在门诊中、西药房开设用药咨询室，为患者提供合理用药指导;煎药室开展膏滋药，为患者个体化治疗开辟新方法;住院药房采用先进的全自动摆药机为住院患者提供安全、卫生的单剂量口服药物。全体调剂药师在工作中充分发挥作用，对不合理用药进行有效的干预，在门诊药房开展处方审核、处方点评工作，在住院病房中开展住院患者药品医嘱审核工作，为全院患者合理用药严把关卡。2010年，门诊西药房被中直机关授予 “青年文明岗”荣誉称号，门诊中药房于2012年被北京市中医药管理局授予“北京市示范中药房”称号。 临床药学：临床药学科配置了超高效液相色谱-质谱联用仪(UPLC-MS/MS)、超快速液相色谱分析系统(UFLCXR-PDA)、高效液相色谱仪(3D-FLD、 VWD)、全自动化学发光免疫分析仪、原子吸收分光光度仪、全自动基因芯片识读仪、PCR仪、酶标仪等先进分析设备，常规开展12项治疗药物监测工作、54种涉及药物不良反应、药物代谢过程以及疗效相关的药物基因多态性检测工作，1项高苯丙氨酸血症鉴别诊断工作、1项遗传代谢物质分析工作，并以治疗药物监测技术为依托，参与到临床个体化治疗工作中去。