清华大学附属北京清华长庚医院心脏外科成立于2016年11月。科室以成人心脏病外科治疗为主，已成功开展冠心病、心脏瓣膜病、大血管疾病、先心病等外科治疗，独立完成心脏手术100余例，重点发展微创心脏外科和心衰患者外科手术治疗。在微创外科理念主导下，科内目前已成功开展微创小切口心脏不停跳搭桥、杂交手术（Hybrid手术）、经心尖导管主动脉瓣置换（TAVI）、微创腔镜获取大隐静脉、微创胸腔镜获取乳内动脉等技术。科室备有主动脉球囊反博（IABP）和体外膜肺氧合(ECMO)等先进设备，着眼于危重心衰患者救治。2019年9月该科顺利获得心脏移植手术资质。科室现有Attending医师2人，住院医师4人，体外循环师2人。