中医科是该院“全国综合医院中医药工作示范单位”的主体科室和“重庆市重点专科”，分为中医(风湿/老年)内科、中医肛肠科2个住院病区和门诊国医馆(有中医内科、中医风湿免疫、中医针灸、中医肛肠和中医皮肤等诊室)。拥有主任中医师3名，副主任中医师6名，主治中医师8名等中医人员共25名。其中，全国优秀中医临床人才、重庆市名中医、重庆市中医高评委1名，巴南区名中医3名，硕士研究生6名及副主任中医护师2名。
“重庆市重点专科”的重要主体，也是“中国风湿免疫病医联体联盟成员单位”和“西南风湿免疫病专科联盟成员单位”。现有病床35张，门诊诊室8个，病区以全国优秀中医临床人才、重庆市名中医、主任中医师为学科带头人，中医实力尤为强劲，特色突出，擅于运用中西医结合治疗各种内科疾病和风湿免疫性疾病。同时，开展穴位贴敷、火罐、中药封包、艾灸、揿针、隔物灸、中药浸泡、中医定向透药治疗、耳穴治疗、中频脉冲电治疗、气压治疗、TDP等多种中医科非药物治疗项目。
现有各级中医师12名，即主任中医师2名，副主任中医师2名，主治中医师5名，中医师3名。各级护理人员24人，其中副主任护师2人(中医护理专业)，主管护师3人，护师13人，护士6人，并都通过中医护理的专业培训，能对病人进行辨证施护和非药物治疗。
重庆市中医药学会肛肠专委会和重庆市医师协会肛肠分会的会员单位，也是重庆市肛肠专科联盟成员单位。现有病床20张，门诊有中医肛肠诊室和便秘专病门诊。病区以巴南区名中医、主任中医师为学科带头人，中医肛肠专科特殊突出，擅长以中医特色诊疗方法治疗内痔、外痔、混合痔、肛瘘、肛裂、肛周脓肿、肛乳头肥大、直肠黏膜松弛，直肠粘膜脱垂、直肠息肉、直肠绒毛状腺瘤、结直肠炎、便秘等疾病。
现有各级中医师5名，即主任中医师1名，副主任中医师1名，主治医师1名，医师2名。其中，巴南区名中医1名，硕士研究生3名。护理人员14名。配备肛肠多功能检查治疗仪、结肠水疗仪、肛肠超声熏洗仪、直乙肠镜、中央心电监护仪、除颤仪等先进设备。
开设有中医内科诊室3个，中医风湿免疫诊室1个，针灸按摩诊室2个，中医肛肠诊室1个，中医皮肤诊室1个。有专职和兼职门诊医生10人。其中，有全国优秀中医临床人才、重庆市名中医1名，巴南区名中医3名。
