消化内科医学部前身是原解放军总医院消化内科，始建于1958年，是中华医学会消化病分会主任委员、中华医学会消化内镜学分会主任委员所在单位。2008年被评为北京市重点学科，2013年被评为全军首批国家临床医学专科中心建设单位。

医学部2020年6月成立，包含消化内镜超级微创与修复(消化军事医学)、食管胃、肠道、肝脏，胆系、胰腺疾病及肠道微生态等亚专业，拥有7个派驻科室，现有高职专家70名 ，医护人员 430人 。在消化系统常见病, 疑难病诊治和急危重症救治方面特色鲜明，拥有在面积、规模、技术等方面领先世界的国际一流消化内镜中心。医学部在国际率先定名完善了消化内镜隧道技术，替代了一批传统外科手术，降低了手术风险、提高了术后生活质量;率先提出基于保持人体解剖结构不变条件下，达到祛除疾病目的的超级微创手术新概念，替代以切除器官为代价的手术模式，为未来手术方法学与器械研发指明了方向;在肠道微生态与肿瘤表观遗传学研究方面也处于国际国内领先地位。科研成果包括国家科技进步二等奖、军队科技进步和医疗成果一等奖、北京市医学科技一等奖、美国胃肠病学会主席团奖及唯一国际奖、吴阶平医药创新奖，吴阶平—保罗杨森医药奖。