胃肠外科（腹腔镜微创外科中心）是医院重点优势学科与重点发展专科。目前，胃肠外科拥有教授/主任医师2人，副教授/主任医师2人，特聘教授2名，副教授/副主任医师2人，主治医师/讲师4人，住院医师/助教2人，其中博士研究生导师2人、硕士研究生导师4人。经过几代人的努力与奋斗，胃肠外科技术力量较强，整体实力居国内先进行列，尤其在腹腔镜微创手术治疗各种普通外科疾病如腹腔镜消化道肿瘤(胃癌、结肠癌、直肠癌)的手术治疗、颈部无疤痕的腔镜甲状腺外科手术、腹腔镜微创减肥手术与糖尿病手术、肠瘘的综合治疗及微创PPH痔疮手术等方面居国内领先或先进水平。该科每年收治各类病人近2000人次，施行各种手术1000余台，社会知名度较高。已经在吉林、贵阳、潮州、梅州、郑州建立了多个外科技术协作中心或分中心。现为卫生部普通外科内镜诊疗技术培训基地和中华医学会外科分会腹腔镜内镜外科学组培训基地，暨南大学微创外科研究所。