广东省中医院消化内科创建于1983年，1993年该科被评为医院的重点学科，1995年成为广东省中医药学会消化病专业委员会挂靠单位，1999年被评为广州中医药大学胃病重点专病专科，2003年被评为广东省中医重点学科建设单位。2005年在大德路总院增设了内五消化内科住院部。2007年被评为国家中医药管理局“十一五”重点专科建设单位，2008年被评为广东省“十一五”中医重点专科。
目前大德路总院消化科拥有1个脾胃病病房（位于大德路总院住院部21楼）、病床23张，1个消化内镜室和1个胃肠动力室以及专科门诊2个（胃病、结肠炎等专科）。
广东省中医院总院消化内科内五消化内科目前有医护人员21人，其中医生9人，护士12人。广东省名中医1名，博士生导师1人，硕士生导师1人，正高职称1人，副高职称1人，中级职称5人，初级职称2人。有一名医生跟师于广东省名中医余绍源教授。
广东省中医院二沙岛分院目前有医护人员25人，其中医生15人，护士14人。广东省名中医2名，博士生导师3人，硕士生导师4人，正高职称3人，副高职称2人，中级职称2人，初级职称4人。其中有博士学位2人，硕士学位11人，有1人攻读在职博士，专科先后培养硕士研究生12人，博士研究生4人，博士后2人。有两名医生跟师于全国名中医吉良晨教授，有两名医生跟师于广东省名中医余绍源教授，1名“广东省千百十人才工程优秀人才”（校级）。其中3名医生和1名护士经过了国家级GCP培训。
芳村脾胃病科成立于2009年，目前开放病床23张，设置一个脾胃病内镜室(包括胃镜、肠镜)。脾胃病科现有医生5人，其中高级职称3人，中级职称2人，均具有硕士学位。脾胃病科内镜中心中有1台消化内镜中心处理器及3条胃镜、3条肠镜、1条十二指肠镜、胃肠动力治疗仪2台。
广东省中医院总院消化内科年专科门诊量达近1万人次，年收治病人约550余人，疾病治疗的总有效率达95％以上。二沙岛分院年专科门诊量达近10万人次，收治病人约1000余人，总有效率达95％以上。消化科在中医药诊疗慢性胃炎、消化性溃疡病、消化道出血、功能性胃肠病、胃食管反流病、溃疡性结肠炎、克隆氏病等方面处于省内同行先进地位。并在中医界率先开展了贲门失弛缓大气囊扩张术、ERCP、十二指肠乳头切开胆总管取石术、内镜下止血术、息肉摘除术等多项内镜治疗手术，拟在近期开展多项胃肠动力检查（24小时酸测定、胃电图、肛门直肠测压等）及生物反馈治疗。能够处理各种消化系统的常见病、多发病以及各种危急重症和疑难疾病。
