药学部是集职能、业务、教学、科研于一体，以促进临床科学、合理用药为基础药学技术服务部门，担负着全院药事管理、临床药品的供应、药品的调剂、中药的煎煮、院内制剂的生产、临床药学的服务、药学人员的科研带教等药学技术工作。药学部始终以“为临床、为患者提供优质药学服务”为己任，400多名药学人员始终奋斗在医院的各个药学岗位上。

药学部由大院药剂科、二沙药剂科、芳村药剂科、大学城药剂科、制剂科和下塘门诊药房、天河门诊药房、罗冲围门诊药房共同组成，各药剂科下设中药房、西药房、中心药房、住院中药房、临床药学室、仓库、中药煎药室、计价收费处等部门，现有各级药剂人员402人，其中主任药师4人、副主任药师14人、主管药师104人，硕士生导师6人，硕士研究生24人，全日制本科生166人。

药学部始终紧密结合临床，把握学科发展趋势、结合医院临床应用基础，以病人为中心，确立以提升整体服务水平、提高服务质量为核心的战略发展模式，重点从建立药房调剂安全保障系统、开展临床药学服务、培养中药鉴定人才、实施规范化的医院制剂GPP管理等方面全面开展医院药学工作，推动学科发展，促进合理用药，保障患者用药安全有效，为提高专科的中医临床疗效做好药学保障。药学部临床药学（中药制剂）于2012年被列入国家中医药管理局“十二五”重点专科培育项目。