湖南省儿童医院消化内科随着医院的蓬勃发展，成为目前湖南省唯一一家小儿消化内科专科科室，也是省内唯一一家能开展低龄儿童内窥镜检查的科室，最小年龄为新生儿。其下由专科门诊、病房、内窥镜检查中心、胃肠动力室和消化实验室组成。科室固定床位60张，现有医务工作人员32名，其中正教授1名，副教授2名，主治医师6名及多名住院医师，病区专业护理人员均为本科学历。2011年，科室已被评为全省和全国优质护理服务先进病房。

消化内科积极发展，现已具备了高专业水准的现代化诊疗体系，对常见小儿消化系统疾病如：腹泻、营养不良、消化道出血、慢性胃炎、消化性溃疡、炎症性肠病、胰腺炎等都能达到良好的诊治护理效果。内窥镜检查中心配备有先进的内镜检查设备：如不同型号的小儿电子胃镜、电子肠镜，适合不同年龄段的消化道内镜检查、消化道出血的内镜下止血、肠镜下息肉切除术，消化道异物取出术、粘膜活检等多种内镜下介入治疗。实验室业务不断扩大，引进了血清食物不耐受测定及国外诊断幽门螺旋杆菌的金标准—13C呼吸试验。近年来，又成功开展了全麻下小儿电子小肠镜的检查，对以往难以诊断的小肠疾病提供了确诊依据，如：小肠出血、克隆病，取得突破性的进展，居国内领先水平；对于重度营养不良患儿，该科护理团队成功开展了PICC置管，配合医生实施静脉高营养治疗，患儿的体重增长成功率100%；对于重度胰腺炎患儿，开展了新技术鼻肠管置管，减轻了患儿禁食的痛苦，缩短了住院时间。