病理科由国内儿科病理奠基人之一的朱畅宁教授于1956年创建，是国内最早创建的儿科病理诊断中心。自创建之初就率先开展染色体检查用于对各类先天性畸形尤其是先天性心脏病的辅助诊断和新生儿死亡原因的分析，开展对儿童呼吸系统疾病如肺出血、肺透明膜病及肺表面活性物质缺乏等疾病的多项研究工作，先后培养硕士和博士研究生多名，曾先后在中华儿科杂志等杂志上发表多篇文章并参加编写《儿科学》等书，获得多项科研奖励，使儿科病理在全国处于领先水平。近年来在医院领导和病理界同仁的关心和大力支持下，科室临床病理诊断实力、科研实力和临床带教能力不断增强。目前拥有Leica切片机、Leica冰冻切片机、图像分析仪、Leica荧光显微镜、多头显微镜、免疫组化仪及原位杂交仪等良好的设备，科室外检年工作量达14000余例以上，在全国儿科病理界中名列前茅。目前开展包括常规外科病理诊断、冰冻诊断、各种穿刺诊断、脱落细胞学诊断、尸体解剖学诊断、肾穿诊断、肝穿刺诊断、Ⅳ型胶原免疫荧光检测、荧光原位杂交（FISH）及原位杂交诊断等各项检查项目，开展各种特殊染色如辅助先天性巨结肠诊断的乙酰胆碱酯酶染色及肾穿刺的PASM、Masson和刚果红等染色、肝穿刺的铜铁染色和免疫组化等技术项目。科室长期以来积极服务于临床，接受全国各地儿科病理疑难病理会诊诊断，同时开展各种科研项目如细胞凋亡、细胞DNA倍体和原位杂交检测等，主持及协助完成国家自然科学基金等重大课题。协助完成临床研究生培养、住院医师规范化学员培训和进修医生带教任务，接收了来自全国多家单位的进修医生，其中多名已经成为了原选送单位的骨干核心力量。科室现为全国儿科病理学组副组长单位、上海市医学会委员单位和上海市抗癌协会肿瘤病理委员会委员单位，拥有教授1名，主治医师3名，住院医师1名，目前以通讯作者或第一作者在国际有影响力的杂志发表SCI论文20余篇，在中华病理杂志、中华小儿外科杂志和临床与实验病理杂志等发表论文多篇，自2013年起已经连续多年举办多次全国儿科病理进展继续教育学习班和上海儿童肿瘤病理高峰论坛，不断加强儿科病理同仁的沟通、交流和学习，不断提高诊断水平。科室还注重对外交流和合作，已经同美国、英国、日本和香港及台湾等多家单位建立了定期联系和沟通及远程会诊的机制。相信站在建设国家儿童医学中心的新起点，科室必将得到进一步发展壮大！
目前科室开展检查项目：7.肾脏疾病穿刺病理诊断及Ⅳ型胶原α链的免疫荧光检测
9.FISH技术对N-myc、EWSR1、SYT和ALK基因等多种肿瘤基因扩增或断裂重排的检测。
