普外科和新生儿外科自1958年复旦大学附属儿科医院成立小儿外科专业以来就是其重要核心部分。经过60年几代人的不懈努力，目前已发展成为在医教研上都具有重要影响力的小儿外科专业。2002年，获准成为上海市小儿外科疑难重症诊治中心，2013年成为小儿外科“国家临床重点专科建设”单位，2017年成为上海市小儿外科重点学科（重中之重）。连续八年荣获“全国最佳医院和最佳专科声誉排行榜”的专科排名第二名。

新生儿外科依靠自身强大实力，并依托医院实力雄厚的新生儿重症监护室（NICU）,同时与复旦大学附属妇产科医院，上海市第一妇婴保健院，国际和平妇幼保健院等多家产科医院紧密联系，建立了上海地区完备的胎儿消化道与腹腔结构畸形产前会诊、生后转运与救治网络，形成学科交叉和卫生资源共享，成为新生儿复杂畸形的诊疗中心，是国家儿童医学中心出生缺陷诊治中心及上海市出生缺陷防治重点实验室依托科室之一。在新生儿特别是早产儿及低出生体重儿先天性食道闭锁、先天性肠闭锁、胎粪性腹膜炎，先天性直肠肛门畸形、新生儿梨状窝囊肿、新生儿巨结肠、新生儿淋巴管瘤、新生儿腹腔肿瘤、新生儿胆总管囊肿、先天性膈疝、先天性腹裂及先天性脐膨出等畸形的临床诊治与术后并发症的再手术治疗水平处于国内领先并达到国际先进水平。在国内率先开展后矢状入路肛门成形（Pena）术治疗先天性直肠肛门畸形；率先在国内成功开展新生儿经肛门一期巨结肠根治术（soave术）；在国内首先应用延期手术的概念救治重症膈疝；在国内首先开展腹裂一期无缝修补术；国内首先开展先天性中位无肛新生儿期经骶会阴一期根治术；率先在国内开展新生儿微创手术治疗先天性食道闭锁、先天性膈疝，肠闭锁，先天性巨结肠，胆总管囊肿，腹腔肿瘤等；国内首次开展长段食道闭锁食道牵引一期吻合；国内首先报告子宫外产时处理；国内首先报道新生儿梨状窝手术；率先开展3D打印及计算机辅助成像技术实施联体婴儿复杂畸形分离手术；建立新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）诊疗团队，作为牵头单位，组织编写了《新生儿坏死性小肠结肠炎外科手术治疗》专家共识。

肝胆外科方面，已成为全世界最大的胆道闭锁诊治中心，年均单中心诊治病例数约300例。作为牵头单位，组织编写了《胆道闭锁临床诊疗专家共识》并多次主办全国肝胆疾病学习班及胆道闭锁国际论坛，向全国推广胆道闭锁的标准诊治流程；设立中国胆道闭锁网，进一步推广和规范了胆道闭锁的诊疗和随访工作；开发大便颜色识别软件进行胆道闭锁筛查。作为率先在国内开展小儿肝移植手术的科室，拥有DBD和DCBD供体肝移植资质。同时在腹腔镜治疗先天性胆管扩张症、门静脉海绵样变门脉高压的手术治疗（Rex分流术，断流术等）等方面处于国内领先水平。肛肠外科方面，在国内率先开展Pena与SOAVE术治疗先天性直肠肛门畸形与巨结肠,2012年成功举办全国先天性肛肠畸形学习班,已形成从手术，病理诊断到肠道管理的全面诊疗体系。

此外，在胃镜辅助治疗梨状窝瘘（手术切除或局部烧灼治疗），经口内镜下食管括约肌切开术（POEM）治疗贲门失弛缓症方面均处于国内领先水平。腹腔镜、胸腔镜等微创技术已普及到临床的大多数病种，并在传统的腹腔镜基础上，发展了单切口的腹腔镜技术。普外和新生儿外科也是医院小儿创伤中心的重要部分，得到上海市卫生局“三年行动计划”的资助，创伤中心依托本院PICU和急诊科平台，已初步建立了院前救治、急诊室抢救、监护室监护、专科专制、创伤康复为一体的创伤急救体系，NO吸入，先进的呼吸支持转运系统，ECOM等技术，为危重外科患儿的围术期支持方面的强有力的保障。

普外和新生儿专科为国内最大的小儿外科住院医师及专科规范化培训基地之一，作为博士点和重点学科，每年培养许多临床和科学研究人才，并为国内、特别是中西部地区小儿外科医师队伍输送有生力量。专科拥有正高5名，博士生导师3名，是太平洋小儿外科医师协会理事会主席单位（中国大陆唯一），中华医学会小儿外科委员会副主任单位，中华医学会上海分会小儿外科委员会前任主委单位，拥有中华小儿外科杂志与临床小儿外科杂志副主编，在国内外占有重要的学术地位。

专科连续4次获得卫生部临床重点项目资助。自“九.五”以来本专业承担的国家自然科学基金，卫生部临床重点项目，教育部，上海市科委等科研项目共80余项，经费约1000多万元，居于全国领先水平。依托医院分子生物实验室、复旦大学各院系实验室，开展各项研究，共获中华科技奖等国家、省部级奖15项，发明专利2项，实用新型专利1项。近5年发表论文300余篇，其中SCI收录近百篇，居于全国同行业领先水平。主编《实用新生儿外科学》，《临床小儿外科学――新进展、新理论、新技术》，《住院医师规范化培训儿外科示范案例》、《小儿外科学》（研究生及规培教材）等多部著作。