儿科医院肾脏科是国内从事儿童肾脏疾病临床、科研和教学的重要基地之一。肾脏病专科病房最早成立于1954年，1974年正式成立肾脏专业组。2004年成立复旦大学小儿肾脏病和泌尿系统疾病诊治中心，2010年成为国际儿科肾脏病学会（IPNA）培训中心（国内仅有2个中心），2013年承办国际儿科肾脏病最高学术活动－第16届国际儿科肾脏病大会，2016年2月上海市卫生和计划生育委员会批准依托复旦大学附属儿科医院成立“上海市肾脏发育和儿童肾脏病研究中心”。科室现有正高职称医生2名，副高职称医生5名，开放床位38张，周一至周日全天开放专科门诊，自动腹膜透析机100台、血液透析机6台。

学科诊治范围广、诊治病种全、疑难病人多、外院转诊病人多、开展新技术和新项目多，年专科出院人数约1600人次，年专科门诊量约35000人次，在全国甚至亚洲的辐射力和影响力持续增强。以慢性肾脏病早期发现和干预、先天性肾脏和尿路畸形早期发现和内外科联合治疗、终末期肾病即尿毒症的综合治疗和管理为特色，诊治范围包括原发性肾小球肾炎、肾病综合征、继发性肾小球肾炎（紫癜性肾炎、狼疮性肾炎、ANCA相关性血管炎、乙型肝炎病毒相关性肾炎等）、泌尿道感染、先天性肾脏和尿路畸形、各类遗传性肾脏疾病、肾小管疾病和间质性肾炎、溶血尿毒综合征、急性肾损伤、慢性肾脏病（包括终末期肾病即尿毒症）、儿童夜遗尿等肾脏疾病的诊治、随访和管理。主要研究成果包括：1.率先建立具有良好成本效益的早期发现儿童肾脏病的"两阶段双项筛查"模式，即学生尿液筛查和新生儿生后尿路超声筛查；2.确立并优化儿童常见疑难肾脏疾病诊疗策略，牵头制定全国儿童泌尿道感染和膀胱输尿管反流专家共识/指南、中国儿童单症状性夜遗尿疾病管理专家共识、中国儿童先天性肾积水早期管理专家共识；3.建立国内首个也是规模最大的规范化慢性肾脏替代治疗（透析和肾移植）基地，率先在国内应用自动腹膜透析技术治疗儿童尿毒症，率先在国内儿童专科医院开展儿童肾移植，同时，在国内率先创立儿童慢性肾衰竭慈善救助基金，至今共募集善款2000余万元，救助患儿覆盖全国22个省/自治区/直辖市。

目前已初步形成了儿童肾脏病一体化防治策略，达上海第一、国内领先、国际先进水平，相关研究内容先后获得“2014年度上海市科技进步奖”和中国儿科医学领域最具影响力的权威奖项之一“宋庆龄儿科医学奖”，在上海乃至全国有很强的学术和社会影响力。