哈尔滨市儿童医院变态反应科前身是1997年成立的盐疗中心，2004年在此基础上扩建而成立，2005年成立了黑龙江省第一家儿童过敏性疾病免疫治疗中心。作为黑龙江省儿科领域首家变态反应专科门诊，也是黑龙江省第一家集检查、诊断、治疗为一体的治疗儿童变态反应疾病（即过敏性疾病）的特色科室。

科室担负着黑龙江省及周边地区儿童过敏性疾病的诊治工作。2018年被中华医学会变态反应分会儿童过敏和哮喘学组、中华医学会儿科分会呼吸学组哮喘协作组授予“儿童哮喘标准化门诊示范中心”。现有2名主任医师，1名副主任护师，2名主管护师和1名护师。学科带头人为黑龙江省变态反应专业委员会的主任委员，同时兼任中华医学会变态反应分会，中国医师协会变态反应分会委员。