传染科的前身是1956年医院建立初期即开设的隔离门诊，1972年时又增设了结核门诊；1987年，正式成立传染科，设置隔离门诊、结核门诊、处置室各一间，主要诊治各种病毒和细菌引起的感染性疾病，特别是风疹、麻疹、水痘、猩红热、手足口病等出疹性疾病。目前，设感染性疾病诊室一、二。科室现有医务人员4名，其中主任医师2名，副主任护师2名。

多年来，科室采用传统中药外敷配合口服的方法治疗流行性腮腺炎，取得了显著疗效，有效减轻患儿痛苦的同时避免了并发症发生；传染科还依托医院的先进设备对各种病毒性肝炎、各种胎传传染病、进行及时的诊断、治疗及指导，取得很好的疗效。近年来，传染科还增设了门诊观察床，专门为需要隔离的传染病患儿进行静点治疗，年均静点3000余人次。既让传染病患儿得到及时、有效的治疗，又减少了患儿的住院治疗费用，深受家长好评。

随着医院的不断发展，科室建设也日益增强，在治疗各种传染性疾病、流行病方面积累了丰富的临床经验。特别是2003年“非典”诊治，2008年、2009年手足口病救治及甲型H1N1流感，增诊感染性疾病门诊和发热门诊，为广大患儿救治发挥了重要作用。