泌尿外科创建于上世纪五十年代，是黑龙江省最早创建泌尿外科的单位之一，省内最早的博士学位和硕士学位授予点，东北地区泌尿外科疾病诊治中心。

哈医大二院泌尿外科现有医护人员34名，其中医生17名、；其中教授和主任医师5人，副教授6人，讲师4人，助教2人；具有博士学位3人，全部医师都有硕士学位，男科医生3名。科室设有床位65张，科室设1个病房、男科和“体外冲击波碎石中心”、“泌尿外科B超介入诊疗中心”，另外设有独立的“泌尿外科内腔镜诊查室”，“尿动力学检查室”。科内共有大型专科设备5台，其中包括：德国进口体外冲击波碎石机、德国B超声波检查仪、丹麦尿动力学检查仪、德国肾镜，输尿管镜及美国前列腺电切镜、膀胱镜等设备。

科室人员主持省、市级课题20余项，科室能够开展泌尿外科微创治疗、肾移植、泌尿系肿瘤根治、后腹膜淋巴结清扫术、B超定位的肾、前列腺疾病的各种诊断和治疗、体外冲击波碎石等技术。对许多泌尿外科疑难症的诊疗水平处于省内领先地位，成为泌尿外科疾病的诊治中心。科主任祝清国教授为黑龙江省医学会泌尿外科学会副主任委员，博士研究生和硕士研究生导师，哈尔滨市泌尿外科专业委员会副主任委员，东北三省器官移植协调委员会副主任委员。

泌尿外科的特点是在自体肾移植基础上以移植为重点，各项医疗工作全面提高。移植工作自1978年2月3日在东北区首位开展同种异体移植获得成功，现已开展400余例，并相继开展了睾丸移植、肾上腺移植、活体供肾移植、胰肾联合移植。肾移植时间与国内同步，移植成功率在全国属先进水平。是黑龙江省唯一获得国家准入的开展肾移植医院。肠道在泌尿外科的应用从70年代开始，从乙状结肠扩大膀胱术到乙状结肠代膀胱术，现已有多人能开展该手术并扩大了肠道的应用范围提高了治疗效果，达国内先进水平。泌尿系结石的治疗在国内也是先进的。1989年成立体外振波碎石中心至今已治疗6000余例，现能很好的治疗泌尿系多种结石。输尿管镜气压弹道术用于治疗输尿管结石，已治愈600余例，取得了很好的效果。2008开展经皮肾镜手术，取得良好效果，尤其采用经皮微造瘘小通道输尿管镜碎石术，已治愈300余例，取得良好效果和社会效益。腔内手术方面，从70年代末开展经尿道治疗膀胱肿瘤以来，至今已开展千例以上；经尿道治疗前列腺增生已成为常规手术。2006年腹腔镜手术开展迅速，腹腔镜肾上腺切除术、肾囊肿切除术已成为常规手术，腹腔镜肾癌根治术和肾盂癌根治术也开展数例。