中医科成立于1956年，是医院建国后最早成立的几个临床科室之一。科室最初仅设有中医内科和针灸科。1979年成立 中医外科，1980年成立中医妇科，1981年成立中医气血理论研究室，1992年成立推拿科。先后涌现出“国医大师”张镜人、“全国妇科名家”蔡小荪等一大批全国知名的中医药专家。经过几代中医人的共同努力，目前已经逐步发展成为中医内科、外科、妇科等级学科齐全， 拥有中医学教研室、中医脾胃病实验室(卫生 局2级实验室)、中医消化专业药物临床试验基地，医、教、研、防并举的中医综合性临床科室。夏理彬(卫技一等3级)、叶朗清、张镜人(卫技一等3级)、杨虎天、张存钧、王松坡等先后任中医科主任。中医科现为全国综合医院中医药工作示范单位、上海市综合医院示范中医科、上海市中医临床优势专科、上海市市级医院特色专科，上海市住院医师规范化培训“风湿免疫科培训基地”、“ 中医内科教学基地”、“中医外科教学基地" 。目前，科室承建有国家中医药管理局“张镜人老中医药专家传承工作室”、“ 蔡小荪老中医药专家传承工作室”，上海卫生局 “张氏内科流派传承研究基地”、“蔡 氏妇科流派传承研究基地”等。科室为上海交通大学医学院、上海中医药大学硕士学位授予点。中医科技术力量雄厚，拥有国医大师1名，全国名老中医2名，上海市名中医1名， 有“上海市医苑新星”、“ 上海市优秀青年医学人才”、” 上海市中医药领军人才”等医学才俊。目前在职医师17名(主任医师、副主任医师9人)，博士学位者3人，硕士学位者4人。中医科承担国家科技攻关、国家中医药管理局、上海市科委、 上海市卫生局等科研项目10余项，总经费近1000万元。