内镜诊疗部位于3号楼3楼，设有胃肠镜诊疗间、支气管镜诊疗间、内科胸腔镜诊疗间、准备间、清洗消毒间、内镜储存间、麻醉复苏间等。

医院开展内镜诊疗工作近30年，现拥有内镜专职大夫5人，护士6人；拥有电子气管镜、超声支气管镜、胃镜、肠镜、内科胸腔镜等近二十条；拥有冷冻治疗仪、氩气工作站等治疗设备。不仅单纯用于诊断，针对肺部、胸膜疾病及上、下消化道疾病的介入性治疗已具规模。目前内镜诊疗部开展的诊疗项目有：胃镜、肠镜常规检查及相关镜下治疗：狭窄扩张、取异物、营养管置入、注药、微波、高频电、APC、ESD、EMR、食管支架置入取出、食管隧道粘膜下肿瘤切除术等；气管镜常规检查及相关镜下治疗：荧光支气管镜检查、经支气管镜针吸活检术（TBNA）、EBUS-TBNA、取异物、狭窄扩张、注药、冷冻、高频、微波治疗、气管支架置入取出术等；内科胸腔镜检查及相关镜下治疗。