眼科创建于1952年，由我国著名眼科教育家、一级教授郭秉宽开创。自开创起，眼科的医疗和科研水平就在国内处于领先，是传统的三大眼科中心之一。眼科是国家教育部重点学科、国家临床重点专科、卫生部重点学科，是教育部首批硕士、博士研究生培养点和博士后流动站。目前眼科已经发展成为集医疗、教学、科研和防盲治盲于一体的重要机构。眼科拥有卫生部近视眼重点实验室、上海市视觉损害与重建重点实验室、上海市眼科临床质量控制中心，是卫生部眼科和上海市住院医师规范化培训基地，同时也是上海市红十字会眼库常设机构。

坐落于上海市徐汇区汾阳路83号的汾阳院区实际开放床位394张，2017年浦江院区开始运行，一期开放床位350张，与汾阳院区统一管理，提供同质化服务。眼科在职医师总人数175人，正高级职称26人、副高级职称35人，博士生导师16名，硕士生导师25名。人才队伍呈现年轻化，50岁以下医师占眼科医师人数92%。研究生以上学历占眼科医师人数的99.2%。拥有专职研究人员27人，高级职称比例22.2%。眼科已建立起一支以优秀临床专家及科研高端人才领导的学术型专家团队，包括中华医学会眼科学会候任主任委员1名，上海领军人才4名，已承担国家自然科学基金、国家863计划、卫生部及上海市等各级科研项目数十项，曾获国家科技进步奖二等奖、中华医学科技奖奖、上海市科技进步奖、上海市医学科技等十余奖项。

眼科下设白内障与晶状体疾病、玻璃体视网膜疾病、青光眼及视神经疾病、视光学、眼表疾病、眼眶及眼肿瘤、小儿眼科与斜弱视七个三级学科。各个三级学科均衡发展，均达到国内领先水平，可比肩国际同类诊治水平。开设遗传性眼病咨询门诊和疑难眼病会诊门诊，每年超过半数是来自全国各地的疑难病例，已成为我国重要的疑难眼病诊治中心。作为上海市眼科临床质量控制中心的依托单位，我院眼科年门诊平均约为87万余人次，年总手术量约为5万余台，人均工作量为国内眼科第一。