耳科中心依托于医院耳鼻喉科国家级临床重点专科和上海市听觉医学领先学科，下设包括听觉言语疾病科、耳神经颅底外科、耳显微外科、耳内镜外科和耳内科五个亚学科，拥有设备先进、诊断水平一流的前庭功能室、临床听力室、面神经功能评估平台和听觉言语康复中心。团队拥有中国科学院院士，教育部创新团队和多名新世纪人才，其中教授兼主任医师5人，博士生导师6人，主任医师3人，副主任医师16人，神经外科专家1人。

总院的耳科中心大楼有床位78张，设施先进的专用手术室6间，开展了针对中耳炎、中耳胆脂瘤、耳硬化症、听骨链畸形等疾病以“听功能重建”为目的的精细化耳显微外科手术，手术的规模和水平全国领先；联合神经外科专家针对颈静脉球体瘤、听神经瘤和外耳道癌等侧颅底肿瘤开展以手术为主的综合治疗，疗效达到国际先进水平；在极重度感音神经性耳聋患者的人工耳蜗植入手术中，采取保留残余听力的精细化耳显微外科技术，结合术前基因诊断辅助手术疗效的精确评估，实现疾病的精准诊治；在突聋、眩晕、耳鸣等耳科常见病症的诊疗过程中，通过听力和耳鸣的精细化诊断，前庭功能的全方位评估，实现疾病治疗的个体化和精细化，促进听觉和前庭功能的康复。

听觉医学研究中心依托于国家卫计委听觉医学重点实验室，是国际一流的听觉医学科研和转化平台，承担来自973计划、国家科技部重大研发计划，国家自然科学基金委、教育部和国家卫计委等的重多科研项目，与哈佛大学麻省眼耳医院、爱荷华大学和瑞士苏黎世大学等多所国际著名耳科医疗机构有长期稳定的合作和交流。