生殖感染科是山西省妇幼保健院生殖健康专业的二级科室，於2003年12月成立，2004年元月正式开诊。生殖感染科室积极开展生殖道感染的预防保健治疗，采用卫生部颁发的性传播疾病治疗方案，规范治疗生殖道感染和性传播疾病，开设梅毒、艾滋病咨询门诊。于2005年被授予省级“规范化性病门诊”。

科室特色门诊：男女泌尿、生殖系统感染的诊治；青少年及婴幼儿生殖道感染的诊治；妊娠合并梅毒的诊治；男性性功能障碍、男性不育症；艾滋病感染者合并妊娠妇女产前咨询；预防艾滋病母婴传播的用药指导；性病、艾滋病网络咨询门诊；全院门诊“生殖道感染分泌物”的实验室检测及报告工作。科室承担着卫生部“生殖道感染防治暨宫颈癌早诊早治试点”和“生殖道感染分泌物实验室的检测培训”项目工作。