肝外科的前身是成立于1969年的中山医院肝癌诊疗小组，在汤钊猷院士等老一辈专家带领下，坚持走有中国特色的自己道路。现已成为全国肿瘤学重点学科、中国抗癌协会肝癌专业委员会依托单位、癌变与侵袭原理教育部重点实验室、卫生部临床重点学科、上海市肝肿瘤临床医学中心（重中之重）、上海市医学领先学科肝脏肿瘤学重点学科、复旦大学“211工程”重点学科、复旦大学“985工程”、“重中之重”肿瘤项目依托单位。
科室领军人物为樊嘉教授、学术带头人为周俭教授，现在编人数41人，具有正高和副高职称22人，博士学位比例占90%以上。2015年2月科室搬入新的上海市肝肿瘤诊治中心大楼后，床位数增至230张（4个普通病房、1个特需病房、1个监护病房）。
肝外科为患者提供优质的服务，诊疗模式以一切方便病人为出发点，在保证周一至周六均有普通或专家门诊的情况下，设立提前预约形式的高级专家会诊，并开展固定时间的特色门诊如肝移植随访门诊等。临床治疗中加快门诊各项检查速度，做到检查完毕入院即刻手术，加快病人就诊周期，既方便病人就诊，又扩大了科室的影响，吸引了来自美国、英国、日本、加拿大、韩国和港澳台等10余个国家和地区的病人前来就诊。在注重医疗质量的同时，科室的手术量也有大幅提高（常规手术量由2000年563例增至2014年的3000例）；从科室成立至今，肝外科已积累了数万例的肝癌手术临床经验，已有3000多位病人肝癌切除后生存超过5年，1000多位超过10年，有的肝癌病人生存超过41年。2001年～2014年底共完成1300余例肝移植手术，其中终末期肝病肝移植总体五年生存率85%，符合米兰标准的肝癌肝移植5年生存率接近80%。科室目前诊疗病种包括原发性肝癌、继发性肝癌、肝门区胆管癌、肝肉瘤、肝血管瘤、肝囊肿、肝脏局灶性结节性增生、肝腺瘤、肝包虫病、肝脓肿、肝脏炎性假瘤、肝脏血管平滑肌脂肪瘤、代谢性疾病及终末期肝病等各种疑难杂症。开展肝囊肿开窗揭顶术、肝左外叶部分切除术、肝左外叶切除术、左半肝切除术、左三叶切除术、肝右叶部分切除术、右半肝切除术、肝右三叶切除术、肝中叶切除术、肝尾叶切除术、肝癌复发再切除、肝癌缩小后切除术、肝动脉结扎插管术、门静脉插管术、门静脉取栓术、胆管癌栓取出术、下腔静脉取栓术、肝门区胆管癌根治术、肝门区胆管癌置内支架术以及肝胃、肝肾、肝肠等联合脏器切除术、同种异体原位肝移植、亲体活体肝移植、肝肾联合移植术、腹腔镜下肝切除、腹腔镜下射频消融术、机器人辅助肝肿瘤切除、辅助性肝脏离断联合门静脉结扎后二期肝切除术（ALPPS）等。中心制定的“原发性肝癌诊疗规范”、“肝癌肝移植上海复旦标准”、“肝癌门静脉癌栓优化治疗方案”已在全国各大医院推广应用。在坚持原有治疗特色的基础上，科室还积极开展临床新技术和新方法的推广应用，如干扰素或联合希罗达预防肿瘤复发；门静脉泵持续化疗治疗门静脉癌栓；劈裂式肝移植等均已广泛应用于临床。近年来科室还开展了数项多中心药物临床试验，积累了丰富的经验。
科室目前共有博士生、硕士生导师13人，每年培养研究生20余名，有5人获得“全国优秀博士论文”。科室每年还承担上海市肿瘤外科专科医师培训和国内外10余人的进修生教学任务，定期召开国际、国内学术会议，定期展示我国肝癌研究的新进展，同时也是促进同行或跨行业交流的平台。
肝外科科研工作围绕肿瘤学科科研平台建设和学术梯队的培育，目标是探索肝癌发生发展的机制和肝癌诊疗新策略。科研管理工作继续执行以教授为核心的科研队伍建设和以课题为中心的管理模式，定期项目进展情况汇报。强调科研创新和工作绩效相结合，临床和基础相结合，不断发掘新的学科增长点；强调建立和发展广泛的国内外的科研合作和交流。已经具有肝癌早期诊断新型标志物、肿瘤与微环境、肝癌肿瘤干细胞和循环肿瘤细胞、肝癌肝移植相关基础及临床研究、肝癌复发转移分子标记的科研特色。
肝外科2次获得国家科技进步一等奖、2次获得国家科技进步二等奖、1次获得国家自然科学二等奖，各种省部级奖项20余项。每年获得国家级、省部级研究课题10余项，国家级、省部级项目包括：“十二五”、“十一五”国家科技重大专项、“九五”至“十一五”攻关、863、973计划、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学杰出青年基金、教育部重大项目、教育部跨世纪“优秀人才”基金、“上海市医学领先专业基金”、“上海市科委基金”、卫生部临床重点项目等，有5人获上海市卫生系统“银蛇奖”，并且有较多的横向科研基金项目，多篇论文在《NewEnglandJournalofMedicine》、《CancerCell》、《Naturemedicine》、《JournalofClinicalOncology》、《Gastroenterology》、《Hepatology》等国际著名期刊发表，提高了肝外科在国际上的地位。科室还依靠实验室（癌变与侵袭原理教育部重点实验室），近年来荣获10项国家、部市级成果奖项，并获得国家发明专利7项，形成了良好的科研格局，具有学科参与国家科技攻关的实力和科技含量，将技术和学术结合起来，将基础和临床结合起来，以期解决人类健康的重大科学问题。
肝外科创始人汤钊猷院士曾任上海医科大学校长，国际抗癌联盟（UICC）理事，国家教委科技委员会副主任，中国工程院医药卫生学部主任，中华医学会副会长，中华医学会肿瘤学会副主委，中国抗癌协会肝癌专业委员会主委，现任复旦大学肝癌研究所所长。汤院士在肝癌早期发现、诊断和治疗方面作出了创造性的贡献，使肝癌“不治之症”成为“部分可治之症”，被国际权威称为“是人类认识和治疗肝癌的巨大进展”，获美国纽约癌症研究所“早治早愈”金牌、何梁何利科技进步奖、中国医学科学奖、中国工程科技奖和吴阶平医学奖、白求恩奖章、上海市科技功臣等具重量级的奖项。2次担任国际癌症大会肝癌会议主席、共同主席，90次在国际会议作特邀演讲，组办7次上海国际肝癌肝炎会议并任主席，2005年当选为美国外科学会名誉院士，2006年当选为日本外科学会名誉院士，以第一完成人获国家科技进步一等奖2项、三等奖2项，部市级科技进步一等奖6项，曾任9本国际杂志编委，2本任亚太区主编。主编肝癌、肿瘤专著共8本，参编国际著名专著10本，发表SCI论文200余篇。如今八十高龄的汤钊猷院士依然活跃在临床第一线，带领研究所的团队，向着征服肝癌的更高目标攀登！
科室中青年技术骨干临床服务与科学研究兼顾，学术领军人物樊嘉教授为中华医学会肿瘤分会主任委员、中国抗癌协会肝癌专业委员会前任主任委员、上海市首批领军人才、上海市肝肿瘤临床医学中心主任、复旦大学器官移植中心主任。2008年和2012年以第一完成人身份两获国家科技进步二等奖，曾先后获得全国医药卫生系统创先争优活动先进个人、全国先进工作者、全国优秀科技工作者、全国十大我最喜爱的健康卫士、全国优秀教师－宝钢优秀教育奖、上海市科技精英、上海市优秀学科带头人、上海市20年20名优秀发明人、励树雄教育卫生奖、卫生部有突出贡献的中青年专家等荣誉称号，享受国务院特殊津贴，曾受聘担任国际著名杂志《CancerResearch》编委、《Lancet》、《JournalofClinicalOncology》、《Gastroenterology》等杂志审稿人，是《中华消化外科杂志》、《中华外科杂志》等16本杂志副主编或编委；学术带头人周俭教授，国家杰出青年基金获得者、中国抗癌协会肝癌专业候任主任委员、中华医学会肿瘤学分会秘书长兼肝癌学组副组长、上海市肝肿瘤临床医学中心副主任、上海市器官移植重点实验室副主任、上海市领军人才、优秀学科带头人。荣获裘法祖普通外科医学青年基金奖、吴孟超医学青年基金奖、上海市明治乳业生命科学奖杰出贡献奖、上海市科教党委系统青年科技创新人才奖、上海市卫生系统跨世纪“医苑新星”和“银蛇奖”等。
在科室全体人员的共同努力下，肝外科将进一步改善肝癌病人的预后，降低复发转移率，提高生存率，在肝癌诊治特别是早期肝癌诊断以及肝癌复发转移防治研究方面作出更多有我国特色的创新发现；并强化临床随机分组实验的研究、强化“转化医学”，尽快将基础研究成果向最有效和最合适的疾病诊断、治疗和预防转化，不断将成熟的研究成果变为临床常规。
