为适应感染性疾病谱变化，2004年中山医院成立感染病科，承担临床病人的抗菌药物会诊咨询，并开设感染科门诊。2015年8月起，开设独立的感染病科住院病房，以解决越来越多的非传染的感染病患者住院诊治的需求。目前开放床位33张，主要收治细菌和真菌引起的各类感染、疑似感染和发热待查的病人。根据国际先进理念，特设2个独立的负压病房。同时开设感染病专家门诊、专病门诊与普通门诊；并承担全院感染病的临床诊治和抗菌药物应用会诊任务。
在学科带头人胡必杰教授带领下，目前共由15名医师组成，其中医学博士8人，医学硕士7人，高级技术职称2人，中级职称7人。与医院感染管理专业人员、抗菌药物专业的临床药师共同组成了实力强大的“中山医院感染团队”。从2016年7月起，该科成为欧洲临床微生物与感染病学会在中国的协作中心（ESCMIDCollaborativeCentre）。2017年9月通过国家卫生计生委医院管理研究所审批，复旦大学附属中山医院感染病科正式成为国家卫计委医管所“细菌真菌感染诊治培训项目（培元计划）”培训基地。
主要诊疗范围：2、呼吸道感染：各种肺炎、肺脓肿、肺真菌病、肺肉芽肿病、感染性胸腔积液、支扩感染、慢阻肺急性发作、支气管炎、扁桃体炎等
4、消化系统感染：胃肠道感染、感染性腹泻、胆道感染、腹膜炎、肝脓肿等
5、泌尿生殖系统感染：尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎、肾脓肿、盆腔炎等
7、皮肤软组织感染、骨关节感染、手术伤口感染、其他创伤感染
8、深部真菌感染、耐药菌感染、非结核分枝杆菌感染、结核（痰菌阴性）、寄生虫感染
9、器官移植感染、免疫功能低下或中性粒细胞减少宿主的感染
10、各种留置导管（血管导管、导尿管、气管插管等）感染、植入性医疗器械相关感染、其他医院感染
特需专家门诊（东院区：15号楼2楼30诊室）胡必杰主任医师：每周一下午，周三上午，周四上午潘珏主任医师：每周二下午，周四下午，周五上午特色专病门诊（西院区：20号楼2楼）真菌感染（周一、四上午）：包括念珠菌、隐球菌病、曲霉菌、毛霉菌等感染
肺外结核（周一、三、五下午）：包括淋巴结结核、腹腔结核、骨关节结核、颅内结核、泌尿系统结核、结核性心包炎、皮肤软组织结核等。肺外结核包括多系统、多脏器、多部位、多种类型的结核病变,诊断明显较肺结核困难,造成误诊漏诊。医院通过局部病灶穿刺技术、T-spot、MTB快速液体培养、基因检测等技术，提高对结核病的快速诊断水平，对重症多部位的复杂结核感染的患者进行了及时、有效的诊治。
淋巴结肿大（周二上午、周四下午）：颈部淋巴结肿大较为常见，其中感染性疾病引起淋巴结肿大占很大比例，包括结核感染、EBV感染、巴尔通体、细菌感染等均可引起淋巴结肿大。
感染病科普通门诊：周一至周五，每日全天感染病科有博士生导师1人，硕士生导师1人。科室每年定期举办国家级继续医学教育项目，还承担不同层次及各种形式的教学任务，包括上海市内科住院医师、本科生、研究生及进修医师。
自2017年7月起，感染病科全科室医师共同参与，撰写并通过每周一次的微信公众号发表《中山感染探案系列》等科普文章共50余篇，每周为大家推出一例科室疑难、精彩病例，得到众多关注和同行专家的好评。在大家的鼓励和支持下，于2018年5月将在SIFIC官微发布的32例病例整理成册，取名《上海中山感染探案-疑难病例临床思维》。
中山医院感染病科作为具有细菌真菌感染诊治能力的感染专科医师的培训平台，将进一步推动我国在感染病诊治、感染防控领域的人才培养，促进学科建设和发展，使中国的感染病患者得到与国际水平同步的感染病专家的诊疗与救治。
