儿一科是该县儿童医疗保健中心，集儿童医疗、保健、预防、科研教学为一体的综合性科室。科室副主任医师3名，主治医师3名，医师2名，一支训练有素的护理队伍业务技术精湛。科室仪器设备齐全，拥有婴儿暖箱、蓝光治疗仪、输液泵、无创CPAP呼吸机、监护仪等。

急诊急救、神经、呼吸、肾脏病为科室重点专业。对急危重症、疑难症的诊治具有丰富的经验。在早产儿、新生儿缺氧性脑病、颅内出血、黄疸，败血症，重症脑炎、癫痫、脑瘫，支气管肺炎、支原体肺炎、哮喘，婴幼儿肠炎脱水酸中毒，心肌炎、心力衰竭、心内膜弹力纤维增生症，血小板减少型紫癜、各类贫血，各类肾炎、肾病综合征、紫癜性肾炎蛋白尿，川崎病、过敏性紫癜，儿童多动症、心理障碍，各类遗传代谢病的诊治方面经验丰富。善用中医中药治疗肺炎咳嗽、肠炎、过敏性紫癜肾炎蛋白尿、厌食症、儿童发热性疾病等疗效卓著。近年来在该市率先开展了新工作新项目，1992年将三项生命支持和三项对症处理应用于缺氧缺血性脑病的早期治疗，使后遗症大幅度下降，2001年开展了脑脊液置换治疗新生儿颅内出血，2002年开展了CPAP治疗新生儿呼吸窘迫综合症、呼吸衰竭，2004年开展了换血治疗新生儿各类黄疸（早期核黄疸、ABO、RH溶血病等），目前已完成90余例，2005年开展了早产儿电解质的临床研究、血浆蛋白在新生儿中的应用、川芎嗪治疗新生儿缺氧缺血性脑病的研究，2006年开展了全静脉高营养在新生儿中的应用，使早产儿成活率明显提高，2008年开展了珂立苏治疗早产儿呼吸窘迫综合症，并在全市推广应用，2009年开展了支气管灌洗治疗新生儿胎粪吸入综合征，2012年开展了西地那非治疗新生儿持续肺动脉高压的临床研究，均取得较好的疗效，且多项研究均获市、县科技进步成果奖。

巨野县人民医院儿二科是该院优势学科之一，现有副主任医师2人主治医师2人住院医师7人，主管护师3人数名医师先后到湖南省儿童医院、山东省立医院山东大学齐鲁医院进修深造并与山东省立医院山东大学齐鲁医院济宁医学院附属医院建立了业务协作关系年均门诊量2万余人次年均住院病人3000余人次配有儿童重症监护仪婴儿暖箱、蓝光箱、肺炎肠炎治疗仪等高精尖设备近几年来市科研成果5项县科研成果15项，参与著书5部在省级以上发表学术论文30余篇。

该科开展的固尔苏治疗早产儿呼吸窘迫综合征在鲁西南处于领先水平在肺炎、肠炎、心肌炎、脑瘫肾病综合征、血小板减少性紫瘢过敏性紫癍、多动症、缺氧缺血性脑病、颅内出血等疾病的诊治方面具有丰富的临床经验中药和拔罐治疗肺炎、肠炎、顽固性咳嗽、百日咳、长期发热等效果显著。对重症肺炎、心肌炎、药物毒物中毒、重症脱水酸中毒、昏迷、休克、呼吸心跳骤停等疾病急危重症的抢救成功率高。