该院呼吸内科创建于1983年，是菏泽市医疗质量示范科室、山东省护理质量示范科室、菏泽市重点专科。
科室包括门诊、病房、内镜诊疗室、睡眠监测室、肺功能检查室等专业组。病房为两个病区，有普通病床和呼吸二级监护病床。科室有主任医师、副主任医师、主治医师、住院医师、护理人员，其中有硕士研究生。
本学科在诊断和治疗急、慢性支气管炎，支气管哮喘，支气管扩张症，良、恶性大气道狭窄，慢性阻塞性肺疾病，呼吸衰竭，肺源性心脏病，肺炎，肺癌，肺栓塞，自发性气胸，胸腔积液，胸膜肿瘤，睡眠呼吸障碍，结节病、韦格纳肉芽肿等肉芽肿疾病，弥漫性实质性肺疾病等方面积累了经验。
本学科可以开展支气管镜下纵隔淋巴结穿刺活检术，支气管镜下姑息性中央气道肿物切除术，感染性疾病的支气管镜下诊断和治疗，大气道狭窄的支架置入术，大气道肿瘤的内镜下诊断和治疗，支气管镜下微创治疗，支气管肺泡灌洗术，经皮肺穿刺活检技术，肺功能检查技术，恶性胸腔积液的胸腔闭锁术，急、慢性呼吸衰竭的无创通气，弥漫性肺间质疾病的治疗，睡眠呼吸障碍及相关疾病的诊治，胸腔镜诊疗技术，肺血栓栓塞症的诊治，复发性气胸的胸膜腔固定术。
科室拥有德国耶格肺功能测定仪，日本Olympus电子支气管镜、纤维支气管镜、胸腔镜，睡眠呼吸监测系统，无创呼吸机，血气分析仪，喷射型雾化吸入机，心电监护仪，峰流速仪，快速血糖测定仪等医疗设备。
支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病规范化治疗及宣传教育工作；支气管镜下的诊断及治疗；内科胸腔镜下的诊断及治疗；慢性咳嗽的诊断及治疗；睡眠呼吸障碍性疾病的诊断及治疗；无创通气及雾化治疗；肺内占位诊断、肺部恶性肿瘤的诊断及治疗；胸膜疾病的诊治等。
