重庆专科医院排行榜排名靠前的医院有陆军军医大学第一附属医院、重庆市妇幼保健院、重庆医科大学附属儿童医院、陆军军医大学第二附属医院、重庆市公共卫生医疗救治中心,榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。其中陆军军医大学第一附属医院是全国病理科医院排行榜第5位、重庆市妇幼保健院是全国生殖医学科医院排行榜第7位、重庆医科大学附属儿童医院是全国小儿外科医院排行榜第3位、陆军军医大学第二附属医院是全国血液学医院排行榜第9位、重庆市公共卫生医疗救治中心是西南区变态反应科医院排行榜第2位。
全国病理科医院排行榜第5名:西南医院坐落于两江环抱、山水相依的重庆市沙坪坝区高滩岩上，有着悠久的历史和光荣的传统。医院前身系国民政府中央医院，1929年建于南京，1950年正式命名，现为第三军医大学第一附属医院、西南临床医学院。
全国生殖医学科医院排行榜第7名:重庆市妇幼保健院（重庆医科大学附属妇女儿童医院 、重庆市妇产科医院、重庆市遗传与生殖研究所）创建于1944年，是一所集临床医疗、妇幼保健、科研教学为一体的三级甲等妇幼保健院。
全国小儿外科医院排行榜第3名:重庆医科大学附属儿童医院于1956年由上海医学院儿科系迁渝创建，是集医教研为一体的国家三级甲等综合性儿童医院，最早被国家授予儿科学硕士、博士后流动站，在全国最佳医院排行榜中位居全国儿童医院第三位。
全国血液学医院排行榜第9名:新桥医院是陆军军医大学第二附属医院，建于1944年，前身是国民党军政部陆军医院，现已建设发展成为一所设备先进、学科齐全、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防、保健等于一体的大型综合性现代化教学医院。
西南区变态反应科医院排行榜第2名:重庆市公共卫生医疗救治中心于2008年由原重庆市胸科医院与原重庆市传染病医院合并成立，历经70余年的建设和发展，已成为重庆市唯一一所集“医、教、研、防”为一体的三级传染病专科医院。
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