上海治疗艾滋病比较好的三甲医院包括上海市肺科医院、上海市公共卫生临床中心.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。上海市肺科医院是全国医院综合实力排行榜第45位、上海市公共卫生临床中心是全国结核病医院排行榜第4位。
全国医院综合实力排行榜第45名:同济大学附属上海市肺科医院（上海市职业病防治院）创建1933年，现已发展成为集医疗、教学与科研功能为一体的现代化三级甲等专科教学医院，连年跻身全国医院排行榜百强。医院连续获得“上海市文明单位”称号。
全国结核病医院排行榜第4名:上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心（简称“公卫中心”）是复旦大学附属三级甲等医院、又名复旦大学附属中山医院南院；全国传染病医师进修教育培训基地、上海市疾病控制中心临床基地。
