全国治疗自闭症比较好的二甲医院包括北京大学第六医院、上海市精神卫生中心、北京安定医院、南京脑科医院、广州医科大学附属脑科医院.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。北京大学第六医院是全国医院综合实力排行榜第88位、上海市精神卫生中心是全国医院综合实力排行榜第93位、北京安定医院是全国精神医学科医院排行榜第5位、南京脑科医院是全国精神医学科医院排行榜第6位、广州医科大学附属脑科医院是全国精神医学科医院排行榜第7位。
全国医院综合实力排行榜第88名:北京大学第六医院始终秉承“以科学精神体现人文关怀”的理念，以循证医学为基础，以求实创新为动力，为患者提供最优质的临床服务。经过几代人的不懈努力，形成了综合实力卓越、亚专科齐备、诊疗病种鲜明的医院特色。设有综合病房两个，收治来自全国各地的急症、重症、难治的精神障碍患者；设有特需医疗病房一个，面向高端人群和国外使领馆的外交人士；设有老年病房、儿童病房、临床心理病房、睡眠医学科病房、神经内科病房等亚专科病房以及酒药依赖和进食障碍等特色病种病房，为相关人群提供专业的精神卫生服务。
全国医院综合实力排行榜第93名:上海市精神卫生中心始建于1935年，前身为上海普慈疗养院，院址位于上海市西南郊区（现闵行区），由慈善家陆伯鸿集资建设，属教会管理，是当时远东最大、设备最完善的精神科专科医院之一。
全国精神医学科医院排行榜第5名:首都医科大学附属北京安定医院创建于1914年，2000年成为首都医科大学精神卫生学院，也是全国第一所精神卫生学院，是精神病和精神卫生专业的硕士点、博士点以及应用心理学硕士点。
全国精神医学科医院排行榜第6名:南京脑科医院，又名南京医科大学附属脑科医院，江苏省精神卫生中心，始建于1947年，科研、司法鉴定等任务，还承担着相关政府指令性工作及突发应急事件的心理救援等处置任务。
全国精神医学科医院排行榜第7名:广州医科大学附属脑科医院（广州市惠爱医院、广州市脑科医院、广州市精神卫生中心）坐落于珠江南岸，白鹅潭畔，由美国医生嘉·约翰（John Kerr）于1898年创办，是华南地区最大的三级甲等脑科医院。
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