全国治疗扁平疣比较好的三级医院包括中国医学科学院皮肤病医院、山东第一医科大学附属皮肤病医院、南方医科大学皮肤病医院.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。中国医学科学院皮肤病医院是全国皮肤科医院排行榜第2位、山东第一医科大学附属皮肤病医院是全国皮肤科医院排行榜第9位、南方医科大学皮肤病医院是华南区皮肤科医院排行榜第1位。
全国皮肤科医院排行榜第2名:中国医学科学院皮肤病医院（皮肤病研究所）1954年创建于北京，直属中央卫生部领导，1984年迁南京现址，是我国最早成立的从事皮肤病、性病、麻风病，集医、教、研、防于一体的唯一国家级专业机构。
全国皮肤科医院排行榜第9名:
华南区皮肤科医院排行榜第1名:南方医科大学皮肤病医院前身为广东省平洲医院，成立于1964年，2017年成建制划转到南方医科大学，经过近60年的发展，现成为一所集皮肤性病临床诊疗、教学、科研、预防为一体的三级甲等皮肤病专科医院。
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