全国治疗先天性食管闭锁比较好的三甲医院包括首都医科大学附属北京儿童医院、复旦大学附属儿科医院、浙江大学医学院附属儿童医院、重庆医科大学附属儿童医院、四川大学华西第二医院.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。首都医科大学附属北京儿童医院是全国医院综合实力排行榜第25位、复旦大学附属儿科医院是全国医院综合实力排行榜第30位、浙江大学医学院附属儿童医院是全国医院综合实力排行榜第70位、重庆医科大学附属儿童医院是全国医院综合实力排行榜第78位、四川大学华西第二医院是全国医院综合实力排行榜第79位。
全国医院综合实力排行榜第25名:北京儿童医院是集医疗、科研、教学、保健于一体的三级甲等综合性儿科医院，前身是我国现代儿科医学奠基人诸福棠院士于1942年创办的北平私立儿童医院。2017年批准北京儿童医院成为国家儿童医学中心(北京)。
全国医院综合实力排行榜第30名:复旦大学附属儿科医院创建于1952年，系国家卫计委预算管理单位、三级甲等医院，是集医、教、研、防为一体的综合性儿童专科医院，最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学博士后流动站。
全国医院综合实力排行榜第70名:浙江大学医学院附属儿童医院作为儿科学国家重点专科单位，医院承担着全省儿科医疗、科研、教学、儿童保健及突发性公共卫生事件应急任务。医院现设有滨江和湖滨两院区，核定床位1900张，现有职工共2400人。
全国医院综合实力排行榜第78名:重庆医科大学附属儿童医院于1956年由上海医学院儿科系迁渝创建，是集医教研为一体的国家三级甲等综合性儿童医院，最早被国家授予儿科学硕士、博士后流动站，在全国最佳医院排行榜中位居全国儿童医院第三位。
全国医院综合实力排行榜第79名:四川大学华西第二医院其华西院区730张，锦江院区850张，有22个临床科室和6个医技科室。妇产科学和儿科学均为国家重点学科，儿科学为国家精品课程，妇科、产科、儿科新生儿专业为国家临床重点专科建设项目。
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