全国治疗手足口病比较好的三甲医院包括上海市肺科医院、上海市公共卫生临床中心、山东省公共卫生临床中心、首都医科大学附属北京佑安医院、黑龙江省传染病防治院.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。上海市肺科医院是全国医院综合实力排行榜第45位、上海市公共卫生临床中心是全国结核病医院排行榜第4位、山东省公共卫生临床中心是全国结核病医院排行榜第8位、首都医科大学附属北京佑安医院是华北区传染感染科医院排行榜第5位、黑龙江省传染病防治院是东北区结核病医院排行榜第1位。
全国医院综合实力排行榜第45名:同济大学附属上海市肺科医院（上海市职业病防治院）创建1933年，现已发展成为集医疗、教学与科研功能为一体的现代化三级甲等专科教学医院，连年跻身全国医院排行榜百强。医院连续获得“上海市文明单位”称号。
全国结核病医院排行榜第4名:上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心（简称“公卫中心”）是复旦大学附属三级甲等医院、又名复旦大学附属中山医院南院；全国传染病医师进修教育培训基地、上海市疾病控制中心临床基地。
全国结核病医院排行榜第8名:山东省公共卫生临床中心为省属公立医院，由山东省胸科医院、济南市传染病医院整合组建，承担全省传染病和重大突发公共卫生事件医疗应急救治，临床医疗、医学教育、医学科研、预防保健和全省结核病预防控制等任务。
华北区传染感染科医院排行榜第5名:首都医科大学附属北京佑安医院是一家以感染、传染及急、慢性相关性疾病群体为主要服务对象和重点学科，集预防、医疗、保健、康复为一体的大型综合性医学中心。医院创建于1956年，占地面积52250平方米。
东北区结核病医院排行榜第1名:黑龙江省传染病防治院即黑龙江省结核病防治院，创建于1952年，是省内唯一集医疗、科研、教学为一体的省级三级甲等专科医院，是省、市、铁路、农垦医保、省新型农村合作医疗定点医院。
